長距離偵察用としてＨｅ４５の開発が始まったのと時を同じくして短距離偵察機としてＨｅ４６の開発が進められた。 １９３１年末に初飛行した第一号機は複葉機の形式をとっていたが視界改善のため通常より前方に配置された上部主翼は１０度の後退角を持ち、下部主翼は著しく小さくまたずっと後方の後部座席の直下に配置するという特異な形態であった。 そのため後部座席の下方視界を著しく阻害した。 改善のため２号機では下部主翼を削除して主翼の幅を2.5m広げた高翼単葉に改められた。 エンジンは当初イギリスのブリストル社のジュピターエンジンを国産化したものを採用したが、450馬力という低出力であったため１９３２年には650馬力のジーメンスＳＡＭ２２Ｂエンジンに喚装され、これが量産型となった。 Ｈｅ４６は羽布張りの木製主翼、溶接鋼管の骨組みに羽布張りの胴体とこの当時の普通の構造であった。 １９３４年までには急速に拡大をはかるドイツ空軍からの要求に応じて478機の受注をしたが、この量はハインケル社だけでは応じきれないのでゴータ、ジーベル、フィーゼラーなど数社に委託生産が行われた。 １９３６年には生産が終了したが、第２次大戦勃発当時でもまだ５個中隊はＨｅ４６で装備されてポーランド侵攻作戦に参加した。 １９４０年４月にはすべてＨｓ１２６に置き換えられたが、東部戦線ではＨｅ４５，Ｇ０１４５，Ａｒ６６などの旧式機を動員して編成された部隊で敵軍の安眠妨害作戦に使われた。 Ｈｅ４６はまたスペインの市民戦争に参加したほかブルガリア、ハンガリーへ輸出された。