１９４１年１２月７日、日本海軍が真珠湾奇襲に成功したときアメリカの目標に対して初めて爆弾を投下したのがこの九九式艦上爆撃機である。　固定脚を持ち、見かけは旧式ながら運動性がよく、熟練した搭乗員にも恵まれて戦争初期にインド洋でイギリス空母ヘルメスと巡洋艦コンウオールを撃沈したときには急降下爆撃の命中率８０％以上という驚異的な数字をあげた。　しかし珊瑚海海戦からミッドウェー、ガダルカナル戦を通じて熟練した搭乗員の消耗が激しく、しかもアメリカ海軍戦闘機隊の増大によって急速にその威力を減じ、より高速の彗星急降下爆撃機が登場してからは後方任務に後退していった。 　１９３６年夏、日本海軍は旧式化していた九六式爆撃機にとってかわる新型機の試作計画を発表した。　これに対し愛知時計電機、中島飛行機、三菱重工の三社が応募し、最初の２社が試作機の受注をした。 　愛知はかねてからドイツのハインケル社から技術導入を受けていたこともあって、試作機の主翼はハインケルＨｅ７０の流れをくむ楕円形とし、重量軽減とメンテナンスの容易さをねらってあえて固定脚を採用した。　初飛行は１９３８年一月、エンジンは空冷９気筒の中島光１型で７１０馬力であった。　試作機は明らかに馬力不足であり、ダイブブレーキなど多くの問題が指摘されたが、これらを改善した結果、１９３９年１２月、中島機との性能コンテストに勝利を収め、九九式艦上爆撃機として正式採用となったのである。 　本機は武装が7.7mm固定式機関銃２挺と旋回式機関銃１挺と貧弱であったが、運動性がきわめてよく戦闘機のかわりに使われることもあったくらいである。　爆弾は２５０ｋｇ１発と６０ｋｇ２発を搭載できたが、これはアメリカの同等機であるダグラスＳＢＤ急降下爆撃機の４５０ｋｇ爆弾搭載に比べると敵艦に対する破壊力ではかなり見劣りした。